吴镇宇是于1986年凭演出《靓妹仔3之午夜丽人》而进入电影圈。在电影圈早期，吴镇宇几乎都只能出演一些小角色。
1992年，饰演《绝代双骄》的头号反角江玉郎。
1993年，客串周星驰的《唐伯虎点秋香》中的四大才子之一文征明。
1994-1995年，他与黄子华、李婉华合作，主演了舞台剧《撞板》。
1996年，客串《基佬四十》，饰演一个敏感、温雅、内秀的GAY。同年，吴镇宇主演了查传谊导演的电影《旺角揸Fit人》。1996年，吴镇宇参演了由郑伊健、陈小春主演的《古惑仔之人在》，他打破常规性的凶神恶煞的套演方式，把一个心理极度歇斯底里神经质的形象融合到这个反派身上。
1997年，出演《难兄难弟》，饰演老实、敦厚的谢源。同年接连拍了《豪情盖天》、《97家有喜事》等电影。1997年先后与云拍挡，主演了杜琪峰导演的《一个字头的诞生》以及电影《高度戒备》。并且《一个字头的诞生》这部电影，获得了1998年电影金紫荆奖佳男配角奖。
1998年，与吴君如、方中信等合作电视剧《古惑仔》，饰演黑帮角色靓坤。1998年，他执导了自己的部作品《9413》。
1999年，主演了叶伟信导演的《爆裂》。同年，主演了杜琪峰导演的《火》。
2000年，凭借《公元2000》里一个出场了10分钟的在客串演员表的配角，他拿下了当年金像奖的佳男配角奖和金紫荆奖佳男配角奖。同年，继续跟叶伟信导演合作，和吴君如主演了《朱丽叶与梁山伯》。
2001年，在第七届电影评论学会大奖颁奖礼上获得佳男演员奖。
2002年，吴镇宇凭借《朱丽叶与梁山伯》获第二十届电影金像奖佳主角提名。